1995年,國家雜交水稻工程技術研究中心開發部（公司前身)。 1996年，湖南雜交水稻研究中心以種子開發部為基礎，注冊成立湖南農平雜交水稻種子公司（公司初期）。 1999年，湖南農平雜交水稻種子公司并入袁隆平農業高科技股份有限公司成為其農平分公司，成為隆平高科核心產業。 2001年，公司“農平”牌商標被湖南省工商行政管理局認定為“湖南省著名商標”。 2003年，隆平高科以農平分公司為基礎，整合江西分公司等，注冊成立湖南隆平高科農平種業有限公司。 2006年，公司被評為“中國種業五十強企業”。 2007年，正式更名為湖南隆平種業有限公司，并成立全資子公司——湖南民生種業科技有限公司。 2008年，公司榮獲“國家高技術產業化十年成就獎”。 2009年，公司成立全資子公司——湖南興隆種業有限公司。 2010年，公司“龍形”圖標被湖南省工商行政管理局認定為“湖南省著名商標” 2010年，公司作為唯一一家企業單位參與湖南省“十二五”規劃課題。 2011年，時任中共中央政治委員、國務院副總理回良玉視察我司。 2011年，公司榮獲第一批中國種子協會AAA級信用企業。 2012年，公司作為雜交水稻種子產業唯一受邀代表企業，亮相“國家高新技術產業開發區建設20周年成就展”。 2013年，袁隆平農業高科技股份有限公司重大資產重組完成，我司股權上移正式變更為其旗下全資子公司。 2013年，公司牽頭的《雜交水稻全程機械化制種關鍵技術研究與示范》項目獲國家科技部批準，該項目是國內首次集聚跨領域優勢單位開展的雜交水稻制種全程機械化關鍵技術研究。 2015年，隆平高科定增30億引進戰略投資者中信集團，實際控制人變為國家財政部。 2015年，隆平高科啟動新的戰略規劃，打造“世界優秀的種業公司，致力于為客戶提供綜合農業服務解決方案”。 2016年，湖南隆平種業有限公司史上規模最大、檔次最高的營銷總結大會在湖南長沙隆重召開。 2017年，晶兩優華占全國精英峰會在浙江嘉興舉行，明確了2018年實現晶兩優華占推廣面積1000萬畝的目標。 2017年，公司史上規模最大、規格最高的一次年度盛會——隆平種業2016—2017年度總結表彰暨2017—2018年度規劃會議在湖南長沙召開。 2017年，公司推廣品種領優華占、晶兩優534、晶兩優510入選湖南省優質稻品種。 2018年，公司推廣品種晶兩優華占被農業部確認為超級稻品種。 2019年，積極響應并率先踐行“高質量發展”戰略，重點新品種運作模式得到行業高度認可。 2022年，湖南省常德市漢壽縣冠兩優華占“中稻+再生稻”測產，合計實收畝產干谷1169.3公斤，創造湖南省“中稻+再生稻”農戶大面積種植的高產新紀錄。 2023年，隆平水稻事業部成立。 2023年，全國農業技術推廣服務中心發布2022年度水稻等農作物推廣面積前十大品種等多項排名，晶兩優華占、晶兩優534已連續五年包攬雜交水稻推廣面積全國前二，隆兩優534連續五年位居雜交水稻推廣面積全國前十，2022年度首次躋身全國第三。